Секвенирование ДНК

Вы детям своим тоже делали это?

С одной стороны полезно, с другой - спать как будете потом по ночам? Пришёл час или ещё нет?)

 

была история в советское время, знакомый замполит был в командировке в Сухуми с сослуживцами. один из них, армянин, угощал местных детей на набережной мороженым. когда он у него спросил, "зачем он это делает?", тот невозмутимо ответил: "а кто его знает, может один из них - мой."

 

Ок, переспрошу: детям тоже сделаете после себя?)

Я так понимаю, решение то уже принято, вопрос только в том, где сделать?!)

 

Думаю, через 15-20 лет онкологию победят.

А вообще да, с одной стороны будет возможность составить гайд человеку: что кушать, что меньше кушать, на какие анализы обратить внимание и тд.

Ну если созреешь таки на тест, интересно послушать, что интересного он показал и какие дальше шаги по мониторингу себя в соответствии с полученным результатом.

 

Мониторить раз в год будет достаточно. Или лучше жить и не знать?

 

Лучше быть здоровым и богатым, чем бедным и больным.

Видимо, у нас эта тема с днк не распространена, инфо мало, как и отзывов

 

ну что, решился на тест? Интересно же)

 

Сперму сдавал?

 

А ее зачем?

 

Мож зарабатывает

 

Приятно

 

На дому

 

Экспресс

 

Говорят,есть несколько способов

 

На руке посидеть?

 

Кукольный театр,бл

 

Ыыыыыы

 

Фу.

 

Про клизму забыл?

 

raw data у них читабельные, можно на других сервисах использовать?

 

вроде 23&me дают за 100 евро или около того анализ плюс файл с raw data, которые ты потом можешь по сторонним сервисам рассылать.

 

Должно же быть и немного критики. Пишет учёный-биолог:

читать (open) читать (close)

Может быть, дело в конкретной теме. У меня общее впечатление, что цитометрия и иммунология состоят из в основном дельных проектов. Еще у меня такое же ощущение про КРИСПР или другие, связанные с изготовлением плазмидов, например, темы. GFP-related stuff пока что тоже вроде сравнительно ок. В секвенировании _геномов_ все сравнительно ок. А вот в РНК-сек все очень плохо. И в куПЦР все очень, очень плохо. Про микроэррэи я вообще молчу, мне даже туда лезть не хочется, так там всё плохо.

Я могу попробовать объяснить. Я же тут последние три кода в Quantitative Biology Center и занимаюсь статистикой и квантификацией. И это очень, очень плохо. РНК-сек - это (во всяком случае пока) такая фигня, что уши сворачиваются в трубочку от ужаса, ЧТО люди выдают за реальные данные. Я для примера приведу две статьи, которые очень хорошо характеризуют состояние дел в этой области.

Вот одна статья. Делала ее никому неизвестная бедная лаба из области агрономии (люди с растениями - это вообще несчастные люди, у них как правило сильно мало денег, и к ним мало кто идет). Статья ПРЕКРАСНАЯ, просто золото. Написана максимально простым, логичным языком, видно, что у людей огромный опыт, что они не только специалисты, не только могут разобраться в данных, но и могут при этом внятно объяснить, как они это сделали, какие недостатки, как их надо воспринимать, и что можно сделать для решения проблем. Однако их прекрасная статья хрен знает где в каком жопо-журнале висит.
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/tpj.13014

Кратко: эти люди взяли и симулировали идеальный датасет, который получился бы при РНК-секе, если бы РНК-сек был сделан в идеальных условиях. Ну то есть "чистые данные", что никогда не бывает в реальных условиях. Далее, они взяли этот идеальный датасет, и прогнали его на доступных софтах для анализа РНК-сек данных. Как если бы они прогоняли реальный, грязный датасет. Так вот. ДАЖЕ ПРИ ИДЕАЛЬНОМ датасете, у них более 25% генов(!!!) "поехали" и дали кривой количественный результат, отклоняющийся на более чем 20% от реальных цифр (реальные цифры были известны, т.к. датасет был симулирован сознательно, и цифры были заложены создателями).

Четверть бля! Четверть всех генов поплыли! На ИДЕАЛЬНОМ датасете! А представьте что там в реале получается, когда люди приносят хрен знает какую грязную РНК, которая потом еще и напэцээрена сверху, потом из нее хрен знает как сделала библиотека хрен знает каким криворуким студентом...

Я щас покажу картинку, сколько критических ступенек в РНК-секе, на которых [количественный] результат может "поплыть":


Слева РНК-сек ступени, на которых может поплыть. Из 14 ступеней только 13 и 14 - это анализ софтом. Все остальное может и будет вносить шум в количественное измерение. О каком в жопу точном измерении экспрессии можно говорить, простите меня пожалуйста? И это я еще НЕ ВКЛЮЧИЛА пэцээрение туда!!!! Которое при single-cell RNA-seq обязательно!!!

Важное уточнение: я не говорю о качестенном прочтении транскриптома, про качественное у меня ощущение, что там есть основания, т.к. секвенирование само по себе работает сравнительно ок, если что-то прочиталось, значит оно там как минимум было. Я говорю про количественное измерение экспрессии генов.

И спасибо большое агрономам с их статьей, с симулированным датасетом, который четко показал, насколько реально можно доверять анализу софтами... и это еще если учесть, что этих софтов понаплодилось - лопатой ешь... и все как один лучше другого, если верить их создателям((((

А теперь смотрите какая говностатья выложена в Нейчер (тут слово "говностатья", к сожалению, употреблено в прямом смысле, меня просто выворачивает на нее смотреть, настолько она страшно, некачественно написана, будто ее курица писала левой лапой):
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19015660

Там ТАКИЕ дифирамбы РНК-секу, что у меня четкое ощущение, что пост проплачен статья проплачена. В буквальном смысле проплачена, компаниями, выполняющими этот самый РНК-сек. Ну страшно читать, ей-богу, особенно после первой агростатьи. Просто страшно.

А она в Нейчер. И на нее ссылаются. И ее читают зеленые студенты. Ну мрак блин.


https://aridmoors.livejournal.com/562713.html

 

Сколько денег. Что за анализы?

 

Ой. Да эти диспуты научников с утра до ночи

всеж некая константа выводится

 

Делали мне секвенирование в двух НИИ, ибо по анализам чисто или сомнительно, а я живу на трамале с морфином.
По итогу секвенирование дало положительный результат в плане диагностики, сгонял в Мюнхен, сдал анализы и выстрелило все то, что и должно было выстрелить при том, что у нас в массе лабораторий чист, как выпавший снег.